Toutefois, entre la fin de l’Antiquité et le haut Moyen Âge, les données archéologiques témoignent d’une agglomération encore florissante. La découverte d’une basilique datant de la fin du 5e siècle ou du début du 6e, laisse supposer qu’un certain pouvoir religieux s’exerce alors à Raciate. Le culte rendu au saint Lupien, que l’on connaît grâce à l’historien des Francs, Grégoire de Tours, semble confirmer cette hypothèse.
Il précise d’ailleurs que ce Lupianus aurait été baptisé par Hilaire, évêque du siège épiscopal de Poitiers auquel succéda Adelphius. Ce dernier signe en 511, sous le titre d’Episcopus de Raciate, au premier concile d’Orléans tenu par Clovis. Rezé a donc pu constituer, à cette époque, une résidence secondaire des évêques de Poitiers ou même un évêché éphémère.
Aussi la ville devait-elle être encore dynamique, tout du moins du point de vue ecclésiastique, au début du Moyen Âge. Par la suite, l’agglomération se réduit et devient un petit bourg rural entouré de terres viticoles et d’espaces dédiés à l’élevage.
Ophélie de Peretti, Promenade archéologique à Rezé