Le port romain de Ratiatum n’est plus visible aujourd’hui et le bras de Loire qui le desservait n'existe plus. Les rives de la Loire se trouvent actuellement à près de 500 mètres au nord. Les vestiges découverts lors des fouilles menées entre 2005 et 2016 sur le site Saint-Lupien ont permis de localiser l’emplacement des quais de ce port, matérialisés sur le site par des structures de bois.

En 2010, les fouilles autour de la chapelle révèlent une partie du port antique de Ratiatum. Ce quai portuaire monumental en bois et en pierre date de la fin du 1^er siècle après J.-C, et est aujourd’hui en grande partie démonté pour les besoins de la recherche. Un long mur parallèle à la Loire et des plates-formes de chargement et déchargement sont construits à la fin du 1^er siècle. Ces quais, régulièrement entretenus, contribuent au développement économique de Ratiatum. L'ensablement progressif de la Loire conduit petit à petit au déclin de l'activité portuaire.

En 1636, un érudit voyageur, Dubuisson-Aubenay, fait le rapprochement entre la ville de Rezé, alors nommée Rezay, et la Ratiatum identifiée par le géographe grec Ptolemée au 2e siècle. Ainsi débute une enquête qui mobilise tour à tour les savants du 19e siècle, les archéologues amateurs dans les années 1960 et 1970, puis les premiers représentants de l'archéologie professionnelle dans les années 1980. Tous confirment cette intuition première : sous Rezé se trouve une ville romaine, dont la fondation est intervenue quelques décennies après la conquête des Gaules.

À partir des années 1980, la ville de Rezé, sous l'impulsion de l'association des Amis de Rezé, devient propriétaire de la chapelle Saint-Lupien et du site. En 1986, le sous-sol de la chapelle est classé monument historique. La ville soutient activement la recherche archéologique, jusqu'à créer en 2004 un poste d'archéologue municipal. Depuis 2005, une équipe de recherche pluridisciplinaire met en oeuvre une programmation de fouilles archéologiques sur le site Saint-Lupien. Elle associe l'Institut National de Recherches Archéologiques Préventives (INRAP), le CNRS et l'université de Nantes.

En 2011, la découverte –majeure– d'un quai monumental construit à la fin du 1er siècle de notre ère confirme le caractère exceptionnel du site. D'abord envisagé à l'échelle régionale, le programme de fouilles intègre une dynamique de recherche nationale et européenne. Rezé est ainsi le principal site fouillé à l'échelle régionale et le premier chantier école de l'université de Nantes.

De 2005 à 2016, plusieurs centaines d'étudiants se sont succédé sur le chantier ; les recherches ont mobilisé de très nombreux spécialistes, issus de différents laboratoires : Universités de Nantes, Rennes, Bordeaux, Poitiers, La Rochelle, Bretagne Sud, Bourgogne Franche- Comté, Maine, CNRS, Dendrotech, Arc'Antique, Xylotree, Evrika… En parallèle de ces fouilles, la Ville de Rezé développe des actions de médiation auprès des publics, en particulier scolaires, et initie le projet d'un Centre d'Interprétation et d'Animation du Patrimoine (CIAP) à Rezé.